Un programador se introduce en los circuitos de una computadora donde los programas tienen vida y personalidad propias.

Flynn era un programador joven y presumido que trabajaba en una megacorporación. Uno de los ejecutivos de esta corporación es Dillinger. Flynn ha sido engañado por Dillinger respecto a las ganancias y autoría de los juegos que ha creado. De hecho, Dillinger vendió los videojuegos de Flynn y pasaron a su propiedad. Ante la incapacidad de probar que él es el autor, y renunciando de la compañía, Flynn se ve obligado a trabajar en arcades. Muchos de los juegos que él mismo ha creado se encuentran en su local de arcade.

Después de obtener algo de información de los actuales empleados, Alan Bradley, y la doctora Lora Baines, Dillinger incrementa la seguridad en el 'Control Central de Procesos'.

En efecto, esto deja a los programadores fuera de la compañía. Después de eso acuden a Flynn, con objeto de solicitarle ayuda para burlar la seguridad del CCP. Alan y Lora buscan obtener mayores libertades en su programación.Flynn busca evidencia de sus creaciones robadas.

Después de una ardua travesía para entrar al edificio, Flynn se enfrenta al CCP y es digitalizado dentro de un mundo digital tiránicamente dominado por el CCP. En el mundo real, la interfaz del CCP recuerda a los escritorios de alta tecnología. Desde dentro del sistema de cómputo, el CCP tiene la forma de una cara cuadriculada, que irradia luz roja con energía.

En este mundo, los programas son representados con personajes parecidos a sus creadores; Flynn es inicialmente confundido con un programa, "Clu", que había escrito previamente. Flynn necesita encontrar a Tron, un programa de seguridad creado por Alan. Tron puede ayudar a Flynn a pelear contra el despótico CCP para liberar el mainframe de la compañía y escapar al mundo real. En el camino tiene que participar en varios juegos de acción que incluyen las motos de luz y un juego parecido a la cesta punta.